Kościół (obiekt nr 259), protokólarnie zostaje przekazany przez dotychczasowego gospodarza,  ks. Tadeusza Koseckiego, proboszcza parafii pw. św. Michała Archanioła w wieczyste użytkowanie przez ks. kmdr Mariana Próchniaka.  Protokół zostaje podpisany w obecności  Szefa Rejonowego Zarządu Kwaterunko-Budowlanego (WRZKB),  płk Adama Budzisza. Jednocześnie z Kurii Biskupa Chełmińskiego w Pelpinie przychodzi  pismo pozwalające na użytkowanie kościoła z zaznaczeniem, że urzędowe przekazanie obiektu nastąpi po notarialnym zawarciu umowy przez Ordynariat Polowy ze Skarbem Państwa .

   WRZKB i WAK nr 7 zabezpieczają kościół i wykonują drobne naprawy, a w tym: reperują przeciekające dachy, wymieniają i uzupełniają przewody instalacji elektrycznej, wykonują prowizoryczną zabudowę zakrystii. Proboszcz dokonuje zakupu podstawowego sprzętu liturgicznego oraz nowych  ornatów. W pierwszych dniach po przejęciu kościoła, wystrój kościoła zostaje uzupełniony  w tym sensie, że na bocznych filarach ściany  ołtarzowej umieszczono  z jednej strony banderę MW RP, a z drugiej strony planszę z kotwicą admiralicji oraz  literami „MW”. Dwie wysokie palmy dopełniały obrazu całości. Ks. kmdr Marian Próchniak przejmuje  przekazany dla Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego, budynek kościoła od parafii św. Michała Archanioła w Oksywiu  i zaczyna organizować wojskową, gdyńską parafię garnizonową, której sąsiadami  w Ordynariacie Polowym WP były inne parafie wojskowe: Sopot, Wejherowo, Hel i Ośrodek duszpasterski Gdynia - Babie Doły. 

   Zostaje dokonany przez ks. proboszcza Tadeusza Koseckiego  spis inwentarza kościoła rzymsko-katolickiego p.w. Matki Boskiej Częstochowskiej w Gdyni Oksywiu, traktowanego jako kościół filialny parafii p.w. Św. Michała Archanioła.  W spisie wyszczególnia się między inny:

* Powierzchnia zabudowy 784,5 m ; kubatura 10 899m3. Posadzka w nawie głównej i nawach bocznych z płytek lastrykowych, w prezbiterium – marmurowa. Ściany wewnętrzne otynkowane, bielone. Instalacja elektryczna /2. żyrandole drewniane; 12. kinkietów w stylu Księstwo Warszawskie/. Instalacja odgromnikowa.

* Wyposażenie kościoła. W prezbiterium: tabernakulum pancerne, zdobione obrazem Matki Bożej; ołtarz „versus populum” i ambonka z piaskowca; krzyż procesyjny i świecznik trójramienny z drewna; dzwonek przy drzwiach zakrystii i dwa dzwonki ministranckie; gong, rzutnik „Diapol” i ekran;

* Obraz Matki Boskiej Częstochowskiej i obraz Chrystusa Miłosiernego; 4.świczniki drewniane i jeden metalowy do Paschału; baldachim; 31. ławek osadzonych w podłodze drewnianej; 4. konfesjonały; instalacja nagłaśniająca /wzmacniacz i 2. mikrofony i 3. kolumny głośnikowe/; 4.gablotki ogłoszeń; tablica pamiątkowa śp.ks. kapelana W. Miegonia; 2. kropielnice w kształcie muszli morskich.

* W zakrystii - naczynia liturgiczne:  puszka, kielich z paterą (pozłacane); naczynie do przechowywania hostii; ampułki, tacka, tacka do komunii wiernych. Księgi: Mszał Rzymski dla Diecezji Polskich, Módlmy się wspólnie, Ordo, Księga  modlitw. Szaty i bielizna kościelna: ornaty białe - 3, czerwony - 1, zielony - 1, fioletowy - 1; kapa biała - 1; stuły - 11. różne kolory; alba -1; komże - 2; paski - 3; bielizna kielichowa, obrusy ołtarzowe; welon naramienny. Ponadto wieszak metalowy, umywalka, kran z bieżącą wodą, piec węglowy, 2. szafy do szat liturgicznych i naczyń.

   W aneksie dodatkowo ujęto i wyliczono  wydatki związane z remontem kościoła i jego adaptacją do kultu Bożego /w parafii nie zachowały się rachunki za nabywane materiały i wykonywane prace/. Nie mniej ks. proboszcz stwierdza, że wdowa po kmdr Karnickim, pani Jadwiga, przekazała 1000 $ na remont kościoła /z czego 500$ przekazał na potrzeby diecezji/. W dokumentach można też odnaleźć  przybliżone wyliczenie kosztów poniesionych na remont kościoła przez  Parafię Św. Michała Archanioła, sporządzone przez inż. K. Chudzika, opiewające na kwotę ponad 181 mln  złotych, w którym nie uwzględniono:  stolarki drzwiowej i okiennej  oraz zakupu ławek i konfesjonałów. Kilka dni wcześniej /2.10.1991r./, ks. kmdr dr M. Próchniak sporządził wstępny kosztorys najpilniejszych prac związanych z przejmowanym kościołem. Kosztorys opiewał na kwotę 4 000 mln. złotych. /w owym czasie 1 $ kosztował ok. 10 000 zł /.

   Przywrócony kultowi Bożemu kościół  zostaje powoli dostosowywany do liturgii posoborowej.  W prezbiterium,  które stoi na nieznacznym wywyższeniu, postawiono skromną ambonkę z wymalowaną gołębicą i napisem „ Słowo Boże”, zaś w centralnej części  umieszczono prosty stół eucharystyczny. Centralne miejsce na ścianie ołtarzowej zajęło tabernakulum, nad którym umieszczono obraz MBC, a nad nią duży krzyż drewniany. Na frontonie kościoła zawisła tablica.

   Biskup Polowy WP  eryguje Dekanat Marynarki Wojennej RP z siedzibą w Gdyni i pierwszym  jego dziekanem mianuje  ks. kmdr Mariana Próchniaka.  Nowy dziekan przystępuje aktywnie do organizacji swojego stanowiska pełnienia służby i pracy. Zamieszkuje on w niedalekiej odległości od kościoła w internacie wojskowym na Oksywiu.  W celu zapewnienia obsługi  kościoła pod względem służby zakwaterowania i budownictwa, przed  ostatecznym załatwieniem spraw terenowo - prawnych, marynarska świątynia jako obiekt została  przypisana początkowo do Wojskowej Administracji Koszar nr 7 przy Akademii Marynarki Wojennej. Nowy proboszcz, rozpoczął intensywne rozpoznanie możliwości przeprowadzenia stosownych remontów poprzez Wojskowy Rejonowy Zarząd Kwaterunkowo-Budowlany spotykając się w tej instytucji ze zrozumieniem i ogromną życzliwością  ludzi w mundurach. 

   Biskup Polowy WP,  gen. bryg. Sławoj Leszek Głódź eryguje parafię personalną  przy kościele garnizonowym w Gdyni i mianuje na proboszcza ks. kmdr dr Mariana Próchniaka. Objęcie urzędu nastąpiło 17 września 1991 roku.