Kościół (obiekt nr 259), protokólarnie zostaje przekazany przez dotychczasowego gospodarza,  ks. Tadeusza Koseckiego, proboszcza parafii pw. św. Michała Archanioła w wieczyste użytkowanie przez ks. kmdr Mariana Próchniaka.  Protokół zostaje podpisany w obecności  Szefa Rejonowego Zarządu Kwaterunko-Budowlanego (WRZKB),  płk Adama Budzisza. Jednocześnie z Kurii Biskupa Chełmińskiego w Pelpinie przychodzi  pismo pozwalające na użytkowanie kościoła z zaznaczeniem, że urzędowe przekazanie obiektu nastąpi po notarialnym zawarciu umowy przez Ordynariat Polowy ze Skarbem Państwa .

   WRZKB i WAK nr 7 zabezpieczają kościół i wykonują drobne naprawy, a w tym: reperują przeciekające dachy, wymieniają i uzupełniają przewody instalacji elektrycznej, wykonują prowizoryczną zabudowę zakrystii. Proboszcz dokonuje zakupu podstawowego sprzętu liturgicznego oraz nowych  ornatów. W pierwszych dniach po przejęciu kościoła, wystrój kościoła zostaje uzupełniony  w tym sensie, że na bocznych filarach ściany  ołtarzowej umieszczono  z jednej strony banderę MW RP, a z drugiej strony planszę z kotwicą admiralicji oraz  literami „MW”. Dwie wysokie palmy dopełniały obrazu całości. Ks. kmdr Marian Próchniak przejmuje  przekazany dla Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego, budynek kościoła od parafii św. Michała Archanioła w Oksywiu  i zaczyna organizować wojskową, gdyńską parafię garnizonową, której sąsiadami  w Ordynariacie Polowym WP były inne parafie wojskowe: Sopot, Wejherowo, Hel i Ośrodek duszpasterski Gdynia - Babie Doły. 

   Biskup Polowy WP  eryguje Dekanat Marynarki Wojennej RP z siedzibą w Gdyni i pierwszym  jego dziekanem mianuje  ks. kmdr Mariana Próchniaka.  Nowy dziekan przystępuje aktywnie do organizacji swojego stanowiska pełnienia służby i pracy. Zamieszkuje on w niedalekiej odległości od kościoła w internacie wojskowym na Oksywiu.  W celu zapewnienia obsługi  kościoła pod względem służby zakwaterowania i budownictwa, przed  ostatecznym załatwieniem spraw terenowo - prawnych, marynarska świątynia jako obiekt została  przypisana początkowo do Wojskowej Administracji Koszar nr 7 przy Akademii Marynarki Wojennej. Nowy proboszcz, rozpoczął intensywne rozpoznanie możliwości przeprowadzenia stosownych remontów poprzez Wojskowy Rejonowy Zarząd Kwaterunkowo-Budowlany spotykając się w tej instytucji ze zrozumieniem i ogromną życzliwością  ludzi w mundurach. 

   Biskup Polowy WP,  gen. bryg. Sławoj Leszek Głódź eryguje parafię personalną  przy kościele garnizonowym w Gdyni i mianuje na proboszcza ks. kmdr dr Mariana Próchniaka. Objęcie urzędu nastąpiło 17 września 1991 roku.